Um die Flüsse als Verkehrswege und zur Energiegewinnung zu nutzen und gleichzeitig baulichen Anlagen in den angrenzenden Auen vor regelmäßige Überschwemmungen zu schützen, wurden in den letzten 100 Jahren die Mehrzahl der Flüsse begradigt und befestigt. Mit der Zähmung der Flüsse ging aber auch der Verlust der vielfältigen flusstypischen Lebensräume einher. Übrig blieb vielerorts eine eintönige Flusslandschaft, die nur noch vergleichsweise wenigen Arten einen Lebensraum bietet.
Neben diesen direkten Folgen der Fließgewässerbegradigung, wirken derartige Maßnahmen aber auch indirekt auf das Flussökosystem und tragen somit zu einer Verarmung der Artenvielfalt bei. So führt die Begradigung von Fließgewässern zu einer verstärkten Tiefenerosion. D.h. der Fluss, dessen Kräfte natürlicherweise in die Breite wirken, wirkt nun in die Tiefe. Er gräbt sich förmlich immer tiefer in sein Flussbett ein. Dies führt wiederum zu einer Absenkung des Grundwasserspiegels in den angrenzenden Auenwiesen und Auenwäldern und damit zu einer Austrocknung dieser Lebensräume.
Weiterhin besitzen gebietsfremde Arten das Potential ganze Artengemeinschaften aus dem Gleichgewicht zu bringen. So stellt z.B. die Schwarzmundgrundel in der Elbe ein gravierendes Problem für die heimischen Fischarten dar. Für wandernde Tierarten wie Stör und Lachs können wiederum Staustufen ein nicht zu überwindendes Hindernis darstellen. Paradoxerweise haben aber wahrscheinlich genau diese Staustufen die Mulde bisher vor der Gefahr, des Einwanderns der Scharzmundgrundel, geschützt. Die errichtete Fischtreppe an der Mulde in Dessau könnte sich daher nicht nur positiv auf das Ökosystem der Mulde auswirken.
Für die im Gewässer siedelnden Pflanzen stellt zudem der übermäßige Eintrag von Nähr- und Schadstoffen durch die Industrie und Landwirtschaft ein Problem dar, da dieser zu veränderten Lebensbedingungen für die im Gewässer siedelnden Pflanzen führt, welche eine Verschiebung des Artenspektrums zur Folge hat.
Weiterhin stellt die Verdrängung von heimischen Arten durch eingeschleppte Pflanzenarten (Neophyten) in einigen Bereichen ein gravierendes Problem dar. In der Mulde zählt die Nutalls Wasserpest (Elodea nuttallii) zu dieser Gruppe der invasiven Neophyten.
