Ein Flussökosystem ist, geprägt durch die Kraft des Wassers, einem ständigen Wandel unterworfen. Der Grad der Natürlichkeit bestimmt dabei maßgeblich die Dynamik dieses Ökosystems. Ist ein Fluss frei von menschlichen Aktivitäten, bilden sich in den angrenzenden Bereichen ausgeprägte Auenwälder und Auenwiesen, Ufer verlagern sich und bilden in der Folge Abbruchkanten und Kiesbänke, abgestürzte Bäume bilden Inseln aus Totholz, es entstehen neue Gewässer und alte Gewässer verlanden zu Mooren. Jeder Lebensraum beherbergt seine ganz eigene, speziell auf die dortigen Bedingungen, angepasste Tier- und Pflanzenwelt. Auf Grund des kleinteiligen Mosaiks verschiedenster Lebensräume auf einer vergleichbar kleinen Fläche, zählen Flüsse mit ihren Auen daher zu den artenreichsten Ökosystemen in Mitteleuropa.
Auch im Fließgewässer selbst befinden sich im Idealfall verschiedenste Lebensräume in unmittelbarer Nachbarschaft. Maßgeblich geprägt werden diese Lebensräume von dem abiotischen, also unbelebten, Umweltfaktor Strömung. So werden strömungsberuhigte Bereiche von anderen Artengemeinschaften besiedelt wie bspw. turbulente Bereiche. In der Summe bildet sich ein komplexes Nahrungsnetz, bestehend aus zahlreichen Kleinstlebewesen und Fischen. Vor allem Insekten, die die meisten nur als erwachsene Tiere im Luftraum zu sehen bekommen, sind in großer Zahl auch unter Wasser aktiv. Viele dieser Arten verbringen ihre Kindheit unter Wasser und bilden dort eine wichtige Nahrungsquelle für Fische.
typische Arten der Mulde sind
Wie die Tiere lassen sich auch die Wasserpflanzen im Wesentlichen den Bereichen Gleit- und Prallhang sowie Stromstrich zuordnen. Zu den typische Arten an der Mulde zählen
