Mikroben besitzen als Primärproduzenten, also als Ausgangspunkt des Nahrungsnetzes, eine wichtige Bedeutung für das gesamte Flussökosystem. Darüber hinaus halten sie Nährstoffe zurück und sind somit ein Faktor für die Selbstreinigungskraft des Flusses. Die Maßnahme „Wiederherstellung von Naturufern“ bei Möst wird in erster Linie zu einer verstärkten Erosion am Prallhang und zur Ablagerung des abgetragenen Materials am Gleithang führen und damit zur Verjüngung von Uferlebensräumen. Bei fortschreitendem Uferabtrag in Richtung des angrenzenden Auwaldes erfolgt ein verstärkter Eintrag von Ufergehölzen, was zur Entstehung biologisch aktiver Totzonen, Vergrößerung der Aufwuchsfläche für Biofilme und zur Vergrößerung der strukturellen Vielfalt des Gewässergrunds führt. Die Stärke dieses Effekts wird durch den Forschungsbereich Mirkobielle Stoffumsetzung quantifiziert. Das Verknüpfen dieser Forschungsergebinsse mit denen der Forschungsfelder Makrozoobenthos und Fische lässt zudem Schlüsse auf die Wirkung der Maßnahme auf die allgemeine biologische Aktivität zu.
Generell konnte an den Prallhängen eine höhere Photosynthesleistung festgestellt werden als an den Gleithängen. Ein anderes Bild zeigte sich für die benthische bakterielle Produktion, d.h. die Biomasseproduktion heterotropher Bakterien im Biofilm auf Steinen. Die bakterielle Aktivität war in Biofilmen als Indikator für die Reinigungsleistung der Gleithänge höher als in denen der Prallhänge.
