Als Mikroben werden mikroskopisch kleine Lebewesen, also Lebewesen, die mit dem bloßen Auge nicht mehr erkennbar sind, wie z.B. Algen und Bakterien, bezeichnet. Als Primärproduzenten, also als Ausgangspunkt des Nahrungsnetzes, besitzen Mikroben eine wichtige Bedeutung für das gesamte Flussökosystem. Durch ihren Stoffwechsel halten sie zudem Nährstoffe zurück und sind somit ein Faktor für die Selbstreinigungskraft des Flusses. Durch Photosynthese produzieren Algen Sauerstoff, welcher maßgeblich die Lebensbedingungen und damit die Artengemeinschaften von Pflanzen und Tieren im Fluss bestimmt.
Die Maßnahme „Wiederherstellung von Naturufern“ bei Möst wird in erster Linie zu einer verstärkten Erosion am Prallhang und zur Ablagerung des abgetragenen Materials am Gleithang führen und damit zur Verjüngung von Uferlebensräumen. Bei fortschreitendem Uferabtrag in Richtung des angrenzenden Auwaldes erfolgt ein verstärkter Eintrag von Ufergehölzen, was zur Entstehung biologisch aktiver Totzonen, Vergrößerung der Aufwuchsfläche für Biofilme und zur Vergrößerung der strukturellen Vielfalt des Gewässergrunds führt. Die Stärke dieses Effekts wird durch den Forschungsbereich Strömung und Gewässerstruktur quantifiziert. Das Verknüpfen dieser Forschungsergebinsse mit denen der Forschungsfelder Wasserspflanzen Makrozoobenthos und Fische lässt zudem Schlüsse auf die Wirkung der Maßnahme auf die allgemeine biologische Aktivität und das Nahrungsnetz zu.
Generell ergaben die Untersuchungen , dass am Prallhang die Sauerstoffproduktion häufig den Sauerstoffverbrauch übersteigt, wohingegen am Gleithang sauerstoffzehrende Prozesse überwiegen. Dies weist auf einen höheren Anteil sauerstoffproduzierender Algen im Bereich der Prallhänge hin. Auch im Jahresverlauf lassen sich Unterschiede hinsichtlich der Sauerstoffproduktion feststellen. Der maximale Sauerstoffverbrauch lag dabei im Sommer, der minimale im Winter.
Ein anderes Bild zeigte sich für die benthische bakterielle Produktion, d.h. die Biomasseproduktion heterotropher Bakterien im Biofilm auf Steinen. Die bakterielle Aktivität war in Biofilmen als Indikator für die Reinigungsleistung der Gleithänge höher als in denen der Prallhänge.
Da das Flussholz zu groß und die Algen und Bakterien zu klein sind, wurde der der Baum und dessen Umgebung sprichwörtlich miniaturisiert und in kleine Rinnen gepackt. In diesen Rinnen wurden die Sauerstoffproduktion und der Nährstoffrückhalt durch die Mikroben ermittelt.
Erste Ergebnisse zeigen, dass das eingebaute Flussholzes die mikrobielle Stoffumsetzung in der Umgebung des Baumes nur wenig verändert. Eine wichtige Rolle spielt jedoch die Borke des eingebauten Flussholzes. Hier ist der Stoffumsatz fünfmal höher als in der Umgebung des Baumes. Weitere Untersuchungen müssen auch hier zeigen, inwiefern größere Zeiträume eine Veränderung der Stoffumsätze bewirken.
