Vögel gelten auf Grund ihrer Lebensraumansprüche sowie ihres Ressourcenbedarfs als geeignete Indikatoren zur Bewertung des Zustands von Natur und Landschaft.
So bieten entlang der Mulde die, mit Gebüschen und einzelnen Gehölzen durchsetzten, artenreichen Auenwiesen, seltenen Vogelarten wie Grauammer, Braunkehlchen und Schwarzkehlchen einen idealen Lebensraum. Allesamt Arten, welche in einer intensiv bewirtschafteten Landschaft immer seltener werden, da es an Nahrung und geeigneten Sitz- und Singwarten mangelt.
Auch das Wechselspiel von Auenwald und Auenwiese wirkt sich positiv auf die Vogelbestände an der Mulde aus. Der Wendehals benötigt z.B. für seine Brut alte Baumbestände mit ausreichend Baumhöhlen. Daneben benötigt er, wie der Wespenbussard, aber auch Wiesen zum Nahrungserwerb.
Weitere typische und bemerkenswerte Arten der Auenwiesen an der Mulde sindBaumpieper (Anthus trivialis)
Im Auenwald ist der Mittelspecht hervorzuheben, welcher an der Mulde sein größtes Vorkommen besitzt. Die historisch gewachsene Landschaft mit alten Eichen bietet ihm einen optimalen Lebensraum. Weitere Arten sind
Um sein Bruthöhlen anzulegen ist der Eisvogel ist auf natürliche Uferstrukturen mit Abbruchkanten angewiesen. Darüber hinaus benötigt er für eine erfolgreiche Jagd Weidengebüsche im Uferbereich sowie sauberes und klares Wasser mit einem reichen Angebot an Kleinfischen. Daher lässt sich über die Eisvogelbestände nicht nur die Lage des Eisvogels selbst einschätzen, sondern es kann mit seiner Hilfe der gesamte Lebensraum mitsamt des typischen Arteninventars bewertet werden. Dem gegenüber benötigt der Flussregenpfeifer für seine Bruten Kies und Schotterbänke mit einer lückigen Vegetation, welche sich in Bereichen mit geringen Fließgeschwindigkeiten ausbilden. Beide Arten sind durch den Ausbau von Gewässern und den damit verbundenen Strukturverlust in ihren Beständen stark gefährdet.
Zu den typischen Arten an den Ufern der Unteren Mulde zählen
Durch die Maßnahme „Wiederherstellung natürlicher Ufer“ galang es unmittelbar einen neuen Lebensraum für die Uferschwalbe zur schaffen. Bereits in der Brutsaison nach Durchführung der Maßnahme konnten zahlreiche Bruthöhlen am neugeschaffenen Naturufer festgestellt werden. Weiterhin wird erwartet, dass durch die Ablagerung des dort abgetragenen Materials in Bereichen mit einer niedrigen Fließgeschwindigkeit neue Lebensräume für Flussregenpfeifer und Flussuferläufer entstehen.
Der Fluss als Teil des Fluss-Auen-Ökokomplexes spielt eine wichtige Rolle bei den Nahrungserwerb einiger Arten.
Mit etwas Glück lässt sich an der Mulde der seltene Seeadler beobachten. Darüber hinaus sind Fischadler, Kormoran und auch der Eisvogel typische Jäger im Fluss.
Dem Kranich (Grus grus) macht die zunehmende Trockenheit in den Auen zu schaffen. Der Kranich errichtet für seine Nester Schilfinseln inmitten von Altwässern. Da diese jedoch immer häufiger vor Beendung der Brut trocken fallen, stellt die Plünderung und Zerstörung der Nester durch Waschbären und Wildschweine ein zunehmendes Problem dar. Die Kraniche an der Mulde brüten bereits seit mehreren Jahren erfolglos an der Mulde
Weitere typische und bemerkenswerte Arten der Altärme an der Mulde sind
