Die Begradigung und Eindeichung der Flüsse hat weitreichende Folgen für die Auenwälder und -wiesen. Durch die Entkopplung der Mehrzahl der Überflutungsflächen vom Fluss werden die Auen immer schlechter mit Wasser versorgt. Verstärkt wird dieser Effekt durch die Absenkung des Grundwasserspiegels, einer indirekten Folge der Eindeichung. Der Fluss, dessen Kräfte natürlicherweise in die Breite wirken, wirkt nun in die Tiefe. Er gräbt sich förmlich immer tiefer in sein Flussbett ein und senkt somit den Grundwasserspiegel.
Zwar besitzen Altarme als Bindeglied zwischen Fluss und Aue eine wichtige Funktion für den Wasserhaushalt der Auwälder. Vielerorts sind diese „Lebensadern“ aber in einem schlechten Zustand oder bereits ganz verschwunden, so dass die Auwälder und Auenwiesen auch von dieser Seite nur noch eingeschränkt mit Wasser versorgt werden.
Auf Grund der Vielzahl der Eingriffe in das Fluss-Auen-Ökosystem existieren intakte Auwälder heute faktisch nicht mehr. Bestenfalls werden sie durch Auenwiesen ersetzt, aber zumeist sind die Auen vollständig verschwunden.
