Die Lage der Mulde im ehemaligen Chemiedreieck Wolfen-Bitterfeld, führte bis 1990 zu massiven Einträgen verschiedener Schadstoffe in den Fluss und seine Auen. Mit dem weitest gehenden Rückbau der Chemieindustrie sowie den verbesserten Umweltstandards nahmen die Schadstoffeinträge in die Mulde seit 1990 stetig ab. Dies führte zu einer deutlichen Verbesserung der Wasserqualität. Jedoch sind die meisten der ehemals eingetragenen Schadstoffe nicht einfach verschwunden. Über periodische auftretende Hochwasser haben sie sich in den angrenzenden Auenböden und in den Sedimenten der Mulde verteilt, so dass insbesondere die Auen der Mulde z.T. noch stark mit Schadstoffen belastet sind. Eine wirtschaftliche Nutzung der Überflutungsauen entlang der Mulde ist daher seit 1994 nicht mehr gestattet (siehe Gefahrenabwehrverordnung).
Um den aktuellen Schadstoffgehalt im Fluss zu ermitteln sowie die Stoffflüsse zwischen Fluss und Auen nachzuvollziehen, wurden im gesamten Projektgebiet Sedimentproben entnommen und auf ihren Metallgehalt (Quecksilber, Arsen, Cadmium, Kupfer, Chrom, Blei, Zink, Nickel) untersucht. Untersuchungen vor und nach Durchführung der Maßnahmen sollen zudem Aufschluss darüber geben, ob die Maßnahme „Wiederherstellung natürlicher Ufer“ zu einem zusätzlichen, messbaren Schadstoffeintrag in die Mulde führen kann.
Nach ersten Erkenntnissen lässt sich das nicht eindeutig feststellen und somit ist davon auszugehen, dass es durch die Maßnahme zu keiner Verschlechterung des „chemischen Zustands“ nach WRRL kommen wird. Zudem sind die nachgewiesenen Metallbelastungen am Maßnahmenstandort mit denen am Referenzstandort „Naturufer“, wo ebenfalls natürliche Abtragungsprozesse stattfinden, vergleichbar. Weiterhin kann davon ausgegangen werden, dass das abgetragene Material auf dem Weg flussabwärts an den nachfolgenden Gleithängen abgelagert wird und somit ggf. zu einer einer Abdeckung bzw. Verdünnung der höher belasteten Gleithangstandorte führt.
Da es sich bei Prallhangstandorten aus geomorphologischer Sicht um einen natürlichen Teil des Flusssystems handelt und die Maßnahme „Wiederherstellung eines Naturufers“ den ‚ökologischen Zustand‘ der Unteren Mulde nach WRRL verbessert, darf der ‚chemische Zustand‘ nicht isoliert betrachtet werden. Im Rahmen der Genehmigungsplanung fand daher eine entsprechende Abwägung zwischen den Schutzgütern statt.